Was das Agglomerationsprogramm angeht, sind ebenfalls zahlreiche Projekte zur Landschafts-, Siedlungs- und Verkehrsentwicklung betroffen, das in der dritten Generation ein Gesamtinvestitionsvolumen von 2,4 Milliarden Franken umfasst. Davon entfallen 600 Millionen Franken auf den naheliegenden Realisierungszeitraum 2019 bis 2022. Weitere 560 Millionen Franken sind für den Umsetzungszeitraum 2023 bis 2026 vorgesehen.
Im ersten Umsetzungshorizont sind unter anderem vier Tram-Projekte beantragt. Darunter befindet sich der Plan, eine Verbindung zwischen Klybeck und Kleinhüningen sowie die Verlängerung der Tramlinie 8 in Weil am Rhein bis Läublinpark einzurichten. Zu den Prioritätsprojekten gehören außerdem Straßenbaumaßnahmen sowie Investitionen in Drehscheiben des Öffentlichen Nahverkehrs und in Busbahnhöfe in Lörrach, Bottmingen und im Schweizerischen Rheinfelden. Zudem sieht das Programm Maßnahmen für Fußgänger und Fahrradfahrer in Höhe von 100 Millionen Franken vor und nicht zuletzt das „Herzstück“, die unterirdische S-Bahn-Verbindung zwischen dem Bahnhof Basel SBB und dem Badischen Bahnhof.
Befürworter und Kritiker: Zu den Befürwortern gehören bürgerliche Parteien, die Straßenverbände, aber auch der Verband öffentlicher Verkehr. Ebenso steht der Basler Baudirektor Hans-Peter Wessels hinter dem Fond, genauso wie die Handelskammer beider Basel, die mit dem NAF eine Stärkung des Verkehrsnetzes ewartet.
SP und Grüne haben indes eine Nein-Parole gefasst. Kritik an den Zusatzabgaben und am Griff in die Bundeskasse formuliert die Linke. Negativ äußert sich auch die Sektion beider Basel des Verkehrsclubs Schweiz (VCS). „Der NAF widerspricht den Umwelt- und Klimazielen der Schweiz. Er reserviert viel zu viel zusätzliches Geld für das unverträglichste Verkehrsmittel (das Auto) und greift viel zu tief in die Bundeskasse“, verweist der VCS auf eine „Straßenbau-Offensive mit einem massiven Aus- und Neubau von Autobahnen“.