Seit 2009 wird die Kirche allerdings nicht mehr genutzt, unter anderem wegen der stark rückläufigen Zahl an Gottesdienstbesuchern aus dem Neumattquartier. Ab April 2013 feierte vorübergehend die Evangelische Johannesgemeinde ihre Gottesdienste im Haus „Heilige Familie“.
Das Gemeindeteam St. Fridolin veranstaltete zum Abschied einen „Tag der offenen Tür“ und lud zu einer letzten Eucharistiefeier ein. Sieben Männer, die in ihrer Jugend als Ministranten aktiv waren, zogen mit Pfarrer Thorsten Becker zum Altar und assistierten bei der Heiligen Messe. Mit dabei 25 „aktuelle“ Ministranten aus der Pfarrei.
Becker sagte in seiner Predigt: „Bei aller Trauer um ein Bauwerk – es bleibt der Dank für lebendige Steine und die Unvergänglichkeit der Botschaft dieses Raumes, die uns niemand nehmen kann.“ Ungezählte Menschen, so Becker, hätten in den Mauern ihre Gravur hinterlassen: im Denken, Handeln, im Engagement und – zumeist ehrenamtlich – in noch mehr Mühe und Arbeit.