Der Hauptsitz der Stiftung befindet sich in den Basler Meriangärten, einer 18 Hektar großen Grünanlage nahe des St. Jakobsparks. Hier ist auch das Kernstück der Sammlung, die Kühlkammer mit keimfähigem Saatgut. Bei 15 Grad und 15 Prozent Luftfeuchtigkeit bleiben manche Samen ein Jahr, andere wie Bohnen sogar acht Jahre keimfähig. 1600 seltene Garten-, Acker- und Zierpflanzen stecken hier in kleinen Tüten, bereit, wieder angepflanzt und weiter verbreitet zu werden.
10 000 Gönner hat Pro Specie Rara, vor allem in der Schweiz. Diese bekommen Zugang zu 800 Sorten, die über die Homepage bestellt werden können. Denn verkauft im herkömmlichen Sinne werden diese nicht, die Stiftung arbeitet als Non-Profit-Organisation.
Neben diesen eher passiven Financiers sind aber die Aktiven für den Erhalt der Pflanzen noch wichtiger, erklärt Egloff. Denn diese 500 sogenannten „Sortenbetreuer“ pflanzen idealerweise im eigenen Garten eine Sorte an. Was davon nicht selbst gebraucht, also gegessen und wieder angepflanzt wird, landet später als Samengut wieder bei der Stiftung oder wird an Interessierte weiterverschickt. Diese sollten zwar ein gewisses Grundinteresse mitbringen, ein sprichwörtlich „grüner Daumen“ wird aber nicht vorausgesetzt. In Kursen kann das notwendige Wissen erlernt werden. Ziel der Stiftung sei es, sagt Egloff, alle Samen der Samenbank in drei unterschiedlichen Gärten angepflanzt zu wissen, um deren Fortbestand zu sichern.