Die Kommission kritisiert auch die passive Haltung der Universität Basel. So habe der Universitätsrat das Projekt ungenügend überwacht und begleitet.
Die PUK erachtet es auch als problematisch, dass der Basler Erziehungsdirektor zeitgleich Mitglied des Universitätsrats ist und im Lenkungsausschuss des Projekts vertreten war. Dies führe zu einem Interessenskonflikt.
Ein Fragezeichen setzt die PUK schließlich unter das Prozedere bei der Abwicklung der Mehrkosten von rund 100 Millionen Franken. Diese seien zur Vorfinanzierung an die Universität übertragen worden, was aber dem Universitätsvertrag und dem Großratsbeschluss zum Biozentrum widerspreche. Die Kommission fordert deshalb, dass die beiden Kantone die Vorfinanzierung übernehmen.
Der ausgesprochen komplexe Bau des 73 Meter hohen Biozentrums, das gemäß PUK-Bericht eher einer Maschine als einem Gebäude ähnelt, war von Beginn an von Pannen verfolgt.
Es kam zu mehrjährigen Verzögerungen und zu massiven Kostenüberschreitungen. Statt den prognostizierten 337 Millionen kostete der im September 2021 eröffnete Bau am Schluss mehr als 430 Millionen Franken. Die Untersuchungskommission arbeitete über 5600 Stunden an der Untersuchung. Sie führte insgesamt 37 Hearings durch und analysierte mehr als 130 000 Dokumente.