Die Liste der Vergehen, welche die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt dem früheren Verwaltungsratspräsidenten Martin Gudenrath, dem früheren Direktor Jürg Baumgartner und seinem Vize vorwirft ist lang. Namentlich geht es um Verstöße gegen Bestimmungen des Lohn- und Personalgesetzes und der Spesenverordnung des Kantons Basel-Stadt. Die Vergehen liegen zum Teil mehr als sieben Jahre zurück. Die BVB selber treten vor Gericht als Privatklägerin auf.
In einem schlechten Licht zeigt sich in der Anklageschrift vor allem das Zusammenspiel zwischen Verwaltungsratspräsident Gudenrath und Direktor Baumgartner. Baumgartner ließ sich seinen Lohn mit großzügigen Nebenleistungen aufwerten. Dazu gehörten eine Dienstwohnung in Basel und ein Dienstwagen für den weiterhin im Kanton Zürich wohnhaften BVB-Direktor.