Nach diesem ist bereits eine Umsteige- oder Transitverbindung von Deutschland nach Deutschland über diesen Bahnhof als Grenzübertritt zu verstehen und damit unrechtsmäßig. Frey kritisiert die starre Haltung der Bundesbehörde. „Die Darstellung des Innenministeriums geht an der Lebensrealität hier im Dreiländereck vollkommen vorbei. Der Badische Bahnhof in Basel ist im öffentlichen Verkehr für die Verbindung zwischen Hochrhein, Oberrhein und Wiesental ein zentraler Dreh- und Angelpunkt“, schreibt der Landtagsabgeordnete. Für viele Geduldete gehörte die Fahrt zur Arbeits- oder Ausbildungsstätte oder auch zu Sprachkursen zwischen Hochrhein, Oberrhein oder Wiesental über den Badischen Bahnhof zum Alltag.
Seit einiger Zeit erreichen Frey jedoch vermehrt Meldungen, wonach Geflüchtete beim Umsteigen angezeigt werden. Die Bundespolizei bewertet die eigentliche Transitreise über den Badischen Bahnhof als Ausreise aus Deutschland, und dies führt bei Geflüchteten ohne schengenwirksames Visum dazu, dass deren Aufenthaltsgestattung oder -duldung in Deutschland erlischt.