An der Stadt werden laut Stadtkämmerer Rudolf Koger 2,8 Millionen Euro hängenbleiben. Der Schweizer Bund wird, wie im Zusammenhang mit dem Tram-Projekt vereinbart, 50 Prozent der Investitionskosten übernehmen. Außerdem hat die Stadt laut Koger nach langwierigen Verhandlungen erreicht, dass die DB Station & Service die Kosten für eine Aufzugsanlage in Höhe von 520 000 bis 590 000 Euro übernimmt. Ob sich auch das Land an den Kosten beteiligt, ist ungewiss.
Nach einer Kostenberechnung des Planungsbüros Mailänder Consult entfallen auf den eigentlichen Dreizack 4,5 Millionen Euro. Doch da es sich um ein Projekt handelt, das während des laufenden Bahnbetriebs auf der stark befahrenen Rheintalbahn realisiert werden muss, fallen noch einige Nebenkosten an. Vor allem die Baufeldfreimachung, das heißt unter anderem das Verlegen von Bahnleitungen und Umbauten an der Signaltechnik, schlägt mit rund 900 000 Euro zu Buche.