Die Mehrheit auf fünf Exekutiv-Sitze auszubauen, gelang Rot-Grün indessen nicht. Heidi Mück von der linken Gruppierung BastA! kam im zweiten Wahlgang auf 21 072 Stimmen und lag damit um 1834 Stimmen hinter Dürr, aber noch 1988 Stimmen vor SVP-Kandidat Lorenz Nägelin. Dieser brachte es auf 19 084 Stimmen.
Mit Nägelin hätte das bürgerliche Lager die vor zwölf Jahren verlorene Mehrheit in der Regierung zurückerobern wollen. Die SVP als stärkste Kraft im rechten Lager bleibt von der Regierung ausgeschlossen. Von den Kandidaten auf dem gemeinsamen bürgerlichen Viererticket reüssierten neben Dürr Gesundheitsdirektor Lukas Engelberger (CVP) und der neue LDP-Regierungsrat Conradin Cramer. Letztere wurden schon in der ersten Runde gewählt.
Die neue Basler Regierung mit weiterhin drei SP-Leuten und je einer Vertretung von Grünen, CVP, FDP und LDP nimmt ihre Arbeit Anfang Februar auf.