Die Kapelle hatte allerdings keine lange Lebensdauer. Bereits zu Beginn des Ersten Weltkriegs wurde sie auf Anordnung der Festungskommandantur gesprengt, nachdem das Inventar daraus entfernt und sichergestellt worden war. Über dem stehengebliebenen gemauerten Altartisch errichtete später der Maurermeister Josef Schmid in Huttingen ein Steinkreuz. Als Entschädigung erhielt der Kapellenfond von der Festungsbaukasse Freiburg den Betrag von 50 000 Mark angewiesen, wovon 21 000 Mark die Allgemeine Katholische Kirchenkasse zurückbehielt für die nach dem Tod des Pfarrer Schuler geleistete Abdeckung seiner Schulden. Der verbliebene Rest, mit welchem Pfarrer Ferdinand Lehmann noch in den Kriegsjahren und gleich nach Kriegsende eine andere Kapelle errichten lassen wollte, was aber nicht genehmigt wurde, ging dann in der Inflation endgültig verloren. In den folgenden Jahren wurden dann Spenden gegeben und ein finanzieller Grundstock für einen Neubau angelegt, aber der Zweite Weltkrieg hat auch diese Gelder wieder verschlungen. Erst 25 Jahre nach Kriegsende konnte der alte Wunsch, wieder eine Kapelle im Dorf zu haben, endlich Wirklichkeit werden.
Die Rolle von Emil Brändlin
Das Verdienst kommt vor allem dem 1969 allzu früh verstorbenen Bürgermeister Emil Brändlin zu. Im Tausch gegen den bisherigen Kapellenplatz mit dem dazugehörenden Kapellenacker, der für die Anlage eines neuen Sportplatzes benötigt wurde, bot die Gemeinde das ehemalige Bunkergelände im östlich gelegenen Neubaugebiet in etwa gleicher Größe an. Nachdem die Genehmigung der Erzbischöflichen Kirchenbehörde eingeholt und die Finanzierung durch zugesicherte Beiträge der Bürgerschaft und Zuschüsse der Gemeinde und der Kirchenbehörde in der Hauptsache geregelt schien, begannen Huttinger Bürger im Sommer 1969 mit dem Aushub, den Drainagearbeiten und mit der Fundamentierung. Die weiteren Arbeiten wurden dann an Firmen vergeben.
Am 20. September 1970 konnte das Richtfest begangen werden. Am 20. Juni 1971 konnte die Gemeinde Huttingen das Weihefest ihrer dritten St. Nikolaus-Kapelle feiern.
Auf Wunsch der Bürgerschaft wurde auch ein freistehender Turm in Sichtbeton errichtet. Die Planung und Bauleitung lag in Händen von Adolf Schule aus Weil am Rhein.
Große Spendenwilligkeit
Mit den Beiträgen aus der Gemeinde Huttingen wurden die Baukosten mitbestritten. Mit den Spenden aus Istein Teile der Inneneinrichtung, Bänke und Beichtstuhl. Das schöne Wandkreuz mit Jaspis-Steinen ist eine Stiftung der Gemeindeverwaltung Istein. Den Altar stiftete und fertigte Edelbert Stächelin und den Tabernakel Clara Wannier-Stächelin. So hat der Opfersinn der Huttinger Bürger und vieler auswärtiger Freunde den Bau der neuen Kapelle ermöglicht.