Die Pandemie habe den Kreisverband stark gefordert. So mussten die Handlungen und Vorgehensweisen geprüft und neu ausgerichtet werden. Unter anderem wurden ein Krisenstab im Kreisverband eingerichtet, für alle Bereiche Hygiene-Konzepte erstellt, persönliche Schutzausrüstung beschafft sowie für Rettungsdienst und häusliche Pflege Einsatzregularien festgelegt.
Ab August 2020 wurde eine Corona-Teststation an der Autobahn A5 bei Neuenburg eingerichtet, die bis Mitte September 2020 im Zweischichtbetrieb von 6 bis 22 Uhr geöffnet war. Dabei waren 775 Helfer aus Müllheim und den benachbarten Kreisverbänden im Einsatz. Insgesamt wurden 69 983 Testungen durchgeführt, in Spitzenzeiten mit bis zu 3100 Tests am Tag.
Ab Dezember 2020 wurde gemeinsam mit dem Landkreis Breisgau-Hochschwarzwald und dem DRK-Kreisverband Freiburg das Kreisimpfzentrum in Mülheim aufgebaut, dass am 22. Januar in Betrieb ging. Bis Mitte September 2021 wurden mehr als 70 000 Impfungen durchgeführt. Das Rote Kreuz hat dafür mehr als 300 Mitarbeiter gestellt.