Auch nach der Inbetriebnahme finden weitere Nachtarbeiten in verschiedenen Bereichen der Strecke statt. Von der Nordwestumfahrung in Haltingen bis zur Staatsgrenze der Schweiz werden in den Nächten bis Samstag, 9. November, jeweils von 23.45 bis 4.30 Uhr, lärmintensive Arbeiten durchgeführt, bei denen es durch den Einsatz eines Trennschleifers zu Lärmbeeinträchtigungen kommen kann. Außerdem finden zwischen dem Bahnhof in Weil bis zur Staatsgrenze in den Nächten vom 9. November bis zum 5. Dezember, jeweils von 23 bis 5.15 Uhr, lärmintensive Rammgründungen statt.
Nach der Inbetriebnahme der westlichen Gleistrasse in Fahrtrichtung Freiburg im April 2020 können die Arbeiten für die Fernverkehrsgleise auf der Ostseite beginnen. Erst mit der Inbetriebnahme des Gesamtprojekts gegen Ende 2025 wird an beiden Bahnhöfen in alle Fahrtrichtungen ein barrierefreier Zu- und Ausstieg möglich sein. Bis dahin werden Reisende durch Aushänge in den Zügen und Bahnhöfen über Einschränkungen während der Bauzeit informiert.