Nach dem Niedergang der Staufer und der Freien von Kirchen ging das Patronatsrecht in den Besitz des Bischofs von Basel über, der es 1241 an das neue Chorherrenstift St. Peter am Petersplatz weiterreichte. Doch zu einer völligen Basler Oberherrschaft in Märkt kam es nicht, auch weil die Gerichtshoheit als kaiserliches Reichslehen an die Herren von Grünenberg ging, von deren Nachfahren Ende des 15. Jahrhunderts an die Markgrafen von Hachberg-Sausenberg und ab 1535 an die Markgrafen von Baden-Durlach. Sein Patronatsrecht konnte der Stift von St. Peter jedoch über die Reformation hinaus bis zu seiner Auflösung 1816 bewahren.
Viel hatte das an Land arme Dorf, dessen westliche Ausdehnung gleichwohl einst bis zur Petite Camargue im Elsass reichte, an Zehnten und sonstigen Abgaben freilich nicht zu bieten. Vor allem vom Fischfang und als versierte Schiffer verdienten die wenigen Bewohner ihren bescheidenen Lebensunterhalt. Ein guter Absatzmarkt – für Fische und Gemüse, für das am Märkter Ufer umgeschlagene Eisenerz aus Kandern, aber auch für etwas gewaschenes Rheingold – war über Jahrhunderte hinweg das nahegelegene mächtige Basel. Ackerbau und Viehzucht gestalteten sich schwierig, der einst ungezähmte Rhein vernichtete mit seinen Hochwasserfluten immer wieder die Ernte oder riss Weide- und Ackerland gänzlich fort.
Die Armut und die geringe Einwohnerzahl hatte auch zur Folge, dass Märkt seit 1436 kirchlich als Filiale von Eimeldingen geführt wird. Auch politisch wurde Märkt, das zum Amt Rötteln und später zum Oberamt Lörrach gehörte, als Filiale von Eimeldingen geführt. Erst in Folge der Gemeindereform 1830 wurde der rund 200 Einwohner zählende Ort am 11. Dezember 1838 selbstständig, wählte einen Gemeinderat und mit dem „Kronen“-Wirt Johann Michael Flößer einen ersten Bürgermeister.
Auch Märkt wurde von Kriegen, Zerstörungen und Seuchen heimgesucht, die Bewohner litten unter Plünderungen und Brandschatzungen durchziehender Truppen.
Plünderungen und Zerstörungen
Die Verheerungen des 30-jährigen Kriegs, vor denen die Märkter auf ihre Rheininseln und nach Basel flohen, waren kaum überwunden, da äscherten französische Truppen im holländischen Krieg 1678 sieben Häuser ein. Obstbäume und Inselwaldungen fielen dem sechsjährigen Krieg 1688 zum Opfer. Plünderungen und Zerstörungen erlebten die Märkter kurz darauf während des spanischen Erbfolgekriegs mit der Schlacht am Tüllinger Berg 1702 sowie 1792 bei Kämpfen in Folge der Französischen Revolution und während der napoleonischen Kriege 1814/15.
In den folgenden 60 Jahren veränderte vor allem die Rheinregulierung durch den badischen Oberst Tulla das Leben der Märkter. Die Turbulenzen der badischen Revolution 1848/49 und den deutsch-französischen Krieg 1870/71 überstand der Ort ohne Zerstörungen.
Einzelne Facetten der Dorfentwicklung, die heutige Situation und mögliche Zukunftsperspektiven beleuchten wir im Jubiläumsjahr in unserer Serie „850 Jahre Märkt“.